Государственно-церковные отношения Петровской эпохи — отдельная тема для исследования. Специфическое отношение царя-реформатора к церкви как к институту известно всем, кто хорошо помнит школьный курс истории: изъятие церковных ценностей и переплавка колоколов на пушки в начальный период Северной войны, упразднение патриаршества в России и введение светского органа управления церковными делами, Святейшего Синода, в 1720-е гг. Не то, чтобы царь был абсолютно неверующим человеком (хотя для многих современников и потомков он был царем-антихристом), он просто скептически относился к церкви как к общественному институту, полагая, что тот (как и все другие институты общества) должен всецело контролироваться светским правительством. И служить интересам государства.
Церковь имела достаточно много привилегий: свобода от уплаты налогов, право землевладения и суда над духовными лицами по всяким делам. Поземельные владения церкви были огромны, население этих земель, в большинстве случаев освобождённых от уплаты податей, было бесполезно для государства. Монастырские и архиерейские торгово-промышленные предприятия тоже не платили ничего в казну, благодаря чему могли дешевле продавать свои товары, подрывая тем самым купечество. Кроме того, при Петре I Россия почти беспрестанно воевала, и поиск средств для этого не мог не привести к идее о хотя бы частичном изъятии собственности у Церкви, ну, или хоть обязать монастыри платить государству за владение землями.
24 января (4 февраля) 1701 г. года был восстановлен Монастырский приказ, в ведение которого отошли Патриарший двор, архиерейские дома и монастырские земли и хозяйства. Во главе приказа был поставлен боярин Иван Алексеевич Мусин-Пушкин.
Венцом государственной церковной политики можно назвать учрежденный в 1721 г. Святейший Синод, для которого был написан Духовный Регламент. Одним из пунктов Духовного Регламента было учреждение должности «протоинквизитора», которым был назначен строитель московского Данилова монастыря иеромонах Пафнутий. В каждую епархию назначались «провинциал-инквизиторы», которым подчинялись «инквизиторы», находившиеся в городах и уездах. Обязанностью инквизиторов было наблюдение за тем, как духовенство выполняет правила Духовного Регламента; отдаёт ли оно достойную честь Святейшему Синоду; не происходит ли симония; достойны ли люди, поставляемые в архимандриты и игумены; выполняет ли духовенство Святые правила. Помимо этого, инквизиторы должны были наблюдать, взимаются ли налоги с раскольников; если среди старообрядцев появлялся учитель, то такого немедленно под караулом инквизиторы должны были отправлять в Синод. Инквизиторы были обязаны наблюдать за соблюдением государственных законов как среди духовенства, так и среди монастырских крестьян. Обо всех нарушениях инквизиторы должны были докладывать протоинквизитору, а тот был обязан докладывать в Святейший Синод
В нашем архиве сохранились документы, регламентирующие или подтверждающие сборы с монастырских и церковных владений в пользу государства, сведения о состоянии монастырских вотчин, с которых взимались сборы в казну, сведения о наличии у представителей духовенства сыновей, подлежащих обучению, наборе в монастырских вотчинах плотников для строительства Санкт-Петербурга, работе инквизиторов.